руками ты замучаешься разделять юзеров. проще взять триальную лицензию клаудлинукса да слить их репозитории yumdownloader'ом
а по теме - попробуй mpm_itk, с этим модулем скрипты по-дефолту от имени овнера запускаются. но это очень тормознутый вариант, если у тебя там хайлоад дофига, лучше юзать fastcgi с юзерами в cagefs от клаудлинукса.