MySQL. Оптимизация производительности (2-е издание) Шварц Б., Зайцев П., Ткаченко В. и др.
Недавно нашел эту очень классную книгу по оптимизации MySQL, SQL запросов, все понятно и доступно написано. Всем рекомендую!
PS В несколько сотен раз увеличил производительность работы с БД.