Некоторые же команды работают, в т.ч. и простой phpinfo();
Боюсь, что ввел всех в заблуждение относительно методики создания бэкдора (описал по привычке стандартную схему). На самом деле код внедрен по способу, предложенному Белым Тигром
здесь. Подозреваю, что именно здесь заключена проблема, но не знаю, как ее решить